El municipio está situado en la cabecera del río Pisueña, formando parte de los denominados montes pasiegos. Está integrado por el núcleo urbano de Selaya (capital del municipio) y los barrios de Bustantegua, Campillo y Pisueña. El núcleo de Selaya se encuentra situado a 36 kilómetros de Santander; Campillo y Pisueña a 5 kilómetros de dicho núcleo y Bustantegua a 4 kilómetros. Selaya limita con los términos municipales de Vega de Pas al sur, San Roque de Riomiera al este, y con Villacarriedo al norte y oeste.
La altitud del núcleo de Selaya y de sus barrios es la que se refleja en la siguiente tabla:
| NOMBRE | TIPO | ALTITUD |
|---|---|---|
| Bustantegua | Barrio | 380 m |
| Campillo | Barrio | 340 m |
| Pisueña | Barrio | 380 m |
| Selaya | Villa | 228 m |
Si bien en el Instituto Nacional de Estadística únicamente figuran las cuatro entidades de población señaladas, dentro del Barrio Bustantegua existen otras dos entidades claramente diferenciadas, Valvanuz y San Bartolo.
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Se conoce a Selaya como la Cuarta Villa Pasiega, ya que, aunque oficialmente no comparte esta titularidad con los municipios de Vega de Pas, San Pedro del Romeral y San Roque de Riomiera, es evidente que la cultura pasiega se extiende por las praderías y los barrios de Selaya, y muy especialmente por el de Pisueña, nombrado frecuentemente como ejemplo del modo de vida pasiego.
Selaya es uno de los municipios más monumentales de la comarca, y es visitado por numerosos turistas que se acercan para admirar tanto el patrimonio cultural como el excelente e inigualable paisaje del entorno.
