A partir del siglo XII el campesinado va tomando dependencia de monasterios y, algo más tarde, de la nobleza. Los pequeños propietarios entregarán sus tierras a los señores a cambio de protección, pasando ahora a ser colonos de las mismas. Con el tiempo esa dependencia irá creciendo, haciéndose hereditaria y generando una serie de tributos que fortalecerán a ciertas familias en la zona, entre las que destacaban los Castañeda y los De La Vega, linajes que dejaron constancia de sus disputas sobre el valle de Carriedo y el de Toranzo.

Selaya, fue uno de los cuatro municipios en que se dividió el antiguo Valle de Carriedo. En el Apeo del Infante Don Fernando, (registro de todos los bienes y derechos de la Casa De La Vega en Toranzo y parte de las Asturias, confeccionado por don Pedro Alfonso de Escalante en 1404 a petición de dicho Infante), se hace mención a una casa-fortaleza mandada edificar en Selaya por el señor de Manrique Lara, y a una dehesa plantada de robles propiedad del mismo, por lo que seguramente sea este linaje de Lara, quien ejerció su poderío a lo largo del siglo XIII, sobre los habitantes del territorio del Valle de Carriedo.

En época de Fernando III (1217-1252) el linaje de los Castañeda ya dominaba varios valles, entre ellos el de Toranzo y parte del de Carriedo. Con Pedro I El Cruel (1350-1369), en el proceso de lucha por el poder contra sus nobles, muere violentamente sin descendencia masculina, (en Toro, 1356), don Diego Gómez II, el último señor de la Casa de Castañeda, a quien Alfonso XI otorgó en 1326 exenciones de pechos y servicios para sus vasallos del Valle de Carriedo. Pero la Casa no desaparecería, ya que el señorío le fue concedido a Don Tello, Hijo de Alfonso XI de Castilla, y Conde de Vizcaya y Aguilar. Su hijo, Juan Téllez, que a la muerte de éste (1371) hereda los condados de Aguilar de Campoo, Castañeda y las merindades de Liébana, Pernía y Campoo de Suso, así como los castillos de Vispieres y Peñamellera, se había casado con Leonor de la Vega, cuya hija, Aldonza Téllez de Castilla (Aldonza de Castañeda), se convertiría en única heredera a la muerte de sus padres y hermano, por lo que su marido, Garci Fernández Manrique acabaría siendo señor de Aguilar de Campoo, más tarde marquesado, y a partir de 1429, debido a la concesión de un privilegio otorgado por Juan II, el primer Conde de Castañeda.

Sin embargo, el linaje más importante de Asturias de Santillana fue la Casa De La Vega, después Marquesado de Santillana, que seguramente tuvo su origen en la Casa de Lara, su centro era el solar de La vega, donde se alzaba una torre defensiva que con el tiempo daría origen al topónimo de Torrelavega. Mediante una donación del rey Alfonso XI (1312-1350), el 8 de enero de 1341, los valles de Carriedo, Cayón, Villaescusa, Camargo, Cabezón y Alfoz de Lloredo pasaron a poder de Gonzalo Ruiz de la Vega, hijo de Garci Lasso de la Vega.

También nos informa el Apeo del Infante Don Fernando en 1404, que más tarde, en el Concejo de Selaya, que era de behetría, se produjo la expansión señorial de los Condes de Castañeda, al igual que en el resto del valle. El 14 de noviembre de 1429 Garci Fernández Manrique, I Conde de Castañeda, tomará posesión de Selaya.

Mientras tanto, Diego Hurtado de Mendoza, Almirante y Alcalde Mayor de la Merindad de las Asturias de Santillana, casado con Leonor De La Vega (viuda tras la muerte de su marido, Juan Téllez, en 1385), continúa la expansión por los territorios más notables de la Cantabria medieval. El hijo de ambos, Iñigo López de Mendoza, Señor de Hita y Buitrago (1398-1432) y Señor de la Vega (1432-1445), al frente de las casas de De La Vega y Mendoza continúa la expansión en Asturias de Santillana, Liébana y Campóo, lo que le condujo a profundas disputas con su hermanastra Aldonza y su marido Garcí Fernández Manrique, Condes de Castañeda, por la posesión de estos últimos territorios. En 1444, el Rey Juan II de Castilla concede a Iñigo López de Mendoza la villa de Santillana y sus dominios, entre los que se encuentra el Valle de Carriedo, y un año más tarde, le otorga el título de I Marqués de Santillana (1445-1458). Treinta años después, en 1475, los Reyes Católicos, nombran a su heredero, Diego Hurtado de Mendoza, I Duque del Infantado.

Así, fue la casa de la Vega la que obtuvo definitivamente, a través de privilegios reales, el señorío del territorio en el que se incluía el valle carredano, ante una oposición, a veces violenta, de sus gentes, que llegarían incluso a enfrentarse al poderosamente armado, I Duque del Infantado. Pero en 1495 el Valle de Carriedo demanda ante la Real Chancillería de Valladolid (especie de Tribunal Superior de Justicia), al Duque del Infantado y Marqués de Santillana, por usurpar con métodos violentos su jurisdicción y someter a vasallaje a sus habitantes. No era el primer caso de alzamiento popular, se seguía los pasos del Valle de Toranzo en 1377, cuyo Concejo puso en conocimiento de Alfonso XI los agravios que recibían del señor de Castañeda, y solicitó la devolución de sus antiguos privilegios. En 1495, el Valle de Carriedo, en la jurisdicción de las Asturias de Santillana, estaba formado por catorce concejos, Abionzo, Aloños, Bárcena, Escobedo, Llerana, Penilla, Santibáñez, Saro, Selaya, Soto, Tezanillos, Vega, Villafufre y el concejo Villa de Carriedo, los habitantes de estos territorios se veían obligados, a desplazarse a Santillana para acudir a los pleitos, debiendo recorrer cinco leguas “por montes bravos y tierras de otros señores”, ya que el poder señorial les “avía quitado los alcaldes del rey y puesto otros alcaldes de su mano”. En 1499 la resolución es favorable al Valle, admitiendo su derecho a instalar alcaldes y jueces, y se ratificaba en juicio de revista en 1504, aunque debido a las apelaciones que iba presentando el Marqués, la sentencia no se hará efectiva hasta el 1 de junio de 1546. Mientras tanto un régimen de terror había asolado el valle “las gentes huyeron a los montes, les robaron los ganados, abrieron las paneras, forzaron las mujeres, entraron las iglesias, quemaron los retablos, hirieron de tizonadas en la cruz de Jesucristo”. Esta “solicitud de independencia” denominada Pleito Viejo, así como sus predecesoras, supondrán un antecedente para futuras iniciativas similares en otros valles que conducirían, con el tiempo, a la formación de la actual Cantabria. Como el llamado Pleito de los Nueve Valles, presentado en 1544 por los reales valles de Camargo, Villaescusa, Penagos, Cayón, Piélagos, Reocín, Cabezón, Cabuérniga y Alfoz de Lloredo, y en el que solicitaban la rehabilitación de su anterior condición de realengo frente a las injusticias del Marqués de Santillana. En 1553 se dicta sentencia favorable a los valles, pero como en el caso anterior, será apelada hasta que en 1581, se emite el fallo en revista confirmatoria. Esta alianza, y su respectiva victoria serviría a los valles como génesis para unirse y establecerse en provincia junto al valle de Liébana a partir del 28 de julio de 1778. Al año siguiente, Carlos III aprueba las Ordenanzas de la Provincia de Cantabria (primer antecedente en la Península), resurgiendo de nuevo este topónimo tras casi un milenio. Aunque esta unión no abarca todos los territorios de la actual Cantabria, sí lo hace en su mayoría, y de la zona del Pisueña sólo Cayón y Penagos se integrarán en ella, el resto lo irán haciendo en años posteriores.